Генеральний секретаріат — це виконавчий орган ОІК, створений на першій Ісламській конференції міністрів закордонних справ, що проходила в Джидді (королівство Саудівська Аравія) у лютому 1970 року. Секретаріат повинен виконувати свої функції, визначені статутом та Правилами роботи організації. Він допомагає допоміжним органам і спеціалізованим установам виконувати свої завдання, координує їхні плани роботи. Секретар слідкує за імплементацією резолюцій та рекомендацій Самітів і Конференцій міністрів закордонних справ.
Генеральний секретаріат очолює Генеральний секретар, який призначається Конференцією міністрів закордонних справ на чотирирічний період з лише одноразовим правом переобрання. Генеральному секретарю при виконанні його обов'язків допомагають чотири помічники Генерального секретаря, службовці та експерти.
Генеральний секретар повинен призначати персонал Секретаріату з представників держав-членів, враховуючи принцип рівномірного географічного представлення. Виконуючи свої завдання, Генеральний секретар, його помічники та персонал не повинні отримувати доручень від своїх урядів чи інших осіб. Право надання інструкцій має лише Конференція. Самі держави повинні поважати цю місію та особливість роботи їхніх представників при ОІК і не можуть чинити тиск на них жодним способом.
Повноваження та завдання Секретаріату розподілені між відділеннями, що очолюють помічники Генерального секретаря.
Помічник Генерального секретаря з політичних питань здійснює керівництво:
1. Відділом з політичних питань.
2. Відділом з арабських справ.
3. Відділом справ Африки.
4. Відділом справ Азії.
Помічник Генерального секретаря з питань інформації, культури та соціології здійснює керівництво:
1. Відділом інформації.
2. Відділом культури та соціології.
Помічник Генерального секретаря з економічних питань координує роботу відділу економіки.
Помічник Генерального секретаря з питань науки і технологій керує роботою відділу науки та технологій.
Існує посада керівника відділу по роботі та співпраці з Палестиною та посада комісара Бюро бойкоту Ізраїлю (він має ранг помічника Генерального секретаря).
Основні функції Генерального секретаріату:
1. Визначення дати та підготовка конференцій і зустрічей Організації на вищому рівні.
2. Слідкувати і координувати роботу відділів Генерального секретаріату.
3. Слідкувати за діяльністю неурядових організацій у рамках Конференції.
4. Сприяти співпраці між країнами-членами і забезпечувати належні умови для проведення консультацій, обміну досвідом та інформацією, яка має загальне значення для всіх країн-членів.
Штаб-квартира Генерального секретаріату знаходиться у м. Джидда.
Завданням Генерального секретаря є слідкувати за імплементацією резолюцій Конференції та звітувати перед нею, а також забезпечення робочими документами. Генеральний секретар займається підготовкою зустрічей Конференції.
Привілеї та імунітети Конференції:
• Країни учасниці повинні надати Конференції права та імунітети, що є необхідними для ефективного виконання нею своїх функцій.
• Представники країн-учасниць мають володіти необхідними правами та імунітетами для виконання завдань Конференції.
• Конференція сама визначає обсяг привілеїв та імунітетів персоналу організації.
Для ефективної реалізації завдань ОІК створено допоміжні органи в галузі науки, технологій, економіки, екології тощо. Залежно від рівня самостійності щодо керівних органів виділяють допоміжні та спеціалізовані установи.
ОІК підтримує тісні зв'язки з іншими міжнародними організаціями. Саміти та конференції постійно схвалюють резолюції про "Співпрацю між ОІК та міжнародними і регіональними організаціями". ОІК прийняла дві резолюції про співпрацю ОІК э ООН та
Організацією економічного співробітництва. Щороку Генеральна Асамблея ООН схвалює резолюцію "Співпраця між ООН та ОІК".
Головні органи та допоміжні й спеціалізовані установи ОІК уклали угоди про співпрацю з такими міжнародними організаціями, як:
• Міжнародний комітет Червоного хреста.
• Міжнародна організація охорони здоров'я.
• Міжнародна організація з розвитку приватної власності.
• Міжнародна організація індустріального розвитку.
ОІК має статус спостерігача при ООН, Русі неприєднання, ЛАД, ОАЄ, Організації економічного співробітництва.
Міжнародні представництва ОІК:
1. Постійна місія спостерігачів ОІК при ООН у Нью-Йорку.
2. Постійна місія спостерігачів ОІК при ООН у Женеві.
2.2.3.1. Участь організації в процесі врегулювання конфліктів та забезпечення миру
2.2.3.1.1. Боротьба з незаконною торгівлею, збереженням та розповсюдженням легкої малокаліберної зброї
2.2.3.1.2. Створення Світового фонду солідарності і боротьби з бідністю
2.2.3.1.3. Захист прав мусульманських меншин у третіх країнах
2.2.3.1.4. Ситуація в Палестині, питання Єрусалиму та розв'язання арабо-ізраїльського конфлікту
2.2.3.1.5. Позиція ОІК щодо подій в Афганістані
2.2.3.1.6. Політика ОІК щодо Боснії та Герцеговини
2.2.3.1.7. Роль ОІК у врегулюванні косовської проблеми
2.2.3.1.8. ОІК і Сомалі