Живим муром від нападів турків і татар для України стало козацтво, яке вважало боротьбу проти "бусурманів" своїм священним обов'язком. На перших порах воно нерідко виступало під керівництвом урядників прикордонних зі степом земель (серед відомих провідників козацтва були черкаський староста О. Дашкевич, хмільницький — П. Лянцкоронський, барський — Б. Претвич та деякі ін.), згодом козацтво почало організовувати відсіч нападникам самостійно. Для своєчасного виявлення ворога і попередження про його наближення Війська Запорізького та мешканців українських міст і сіл козаки заснували прикордонну службу. По всій території запорізьких земель та вздовж русла Дніпра було створено мережу сторожових форпостів, які складалися з редутів, тобто укріплень для самооборони, житла для козаків та стайні для коней. З форпостів почергово розсилалися козацькі роз'їзди — "бекети", котрі вели розвідку у відповідних районах. Спостережними пунктами служили скіфські кургани — спеціально насипані земляні узвишшя, сторожові вишки. Біля кожного форпосту та в інших підвищених місцях через певну відстань зводили "фігури" — споруди, які складалися з двох десятків просмолених бочок. Як тільки козаки помічали ворога, то негайно запалювали найближчу фігуру, чорний, густий дим та яскраві спалахи вогню від якої, поряд з гарматними пострілами, ставали сигналом для чатових на сусідніх спостережних пунктах. Незабаром палаючі фігури досягали прикордонних міст і сіл, де передавали свою сигнальну функцію церковним дзвонам. Мирне населення шукало порятунку за оборонними спорудами, а козацьке військо готувалося до відсічі нападників.
Зміцнівши, козацтво не тільки відбиває турецько-татарські напади на Україну, а й саме розгортає наступ на володіння наймогутнішої держави тодішнього світу Туреччини та її васала — Кримське ханство, де визволяло бранців, руйнувало фортеці та інші укріплення, захоплювало значну здобич. Спершу відбувалися сухопутні походи, які вже на поч. XVI ст. набрали достатньо значних масштабів і ставали регулярними. Вони насамперед були пов'язані з такими козацькими ватажками, як Д. Вишневецький, І. Сверчовський (Свірговський), Б. Ружинський, І. Підкова, якого у 1677р. проголосили правителем Молдавії, Я. Оришовський. Зокрема, у 1575 р. гетьман Богдан Ружинський з козаками завдав нищівного удару Кримському ханству. Запорожці прорвалися за Перекоп і смерчем пройшлися Кримським півостровом, руйнуючи все на своєму шляху. Потім дісталися турецького узбережжя Чорного моря, взяли Трапезунд, Сіноп, налякали Константинополь і повернулися на Запоріжжя. У1585 р. січовики здобули в Криму понад 40 тис. коней і багато іншої худоби, а в 1587 р. з'явилися під Варною, де захопили 13 тис. голів худоби; атакували та зруйнували турецьку фортецю Усіани; діяли в околицях Бендер. У серпні 1589 р. козаки завдали великих втрат татарській орді на р. Кам'янці на Поділлі після нападу татар на Волинь і Галичину. Вночі вони напали на ворожий табір, знищили всіх татар і визволили бл. З тис. бранців. Коли ж на допомогу своїм прибув ще один загін кримчаків, то "козаки, як могли наспіх із тих трупів татарських... шанці собі починивши... стали по них стріляти" і відбили атаку. Це були окремі епізоди великої війни, що протягом тривалого часу велася на суходолі між українськими козаками та турками й татарами.
Чорноморські походи
Крім сухопутних, запорожці з сер. XVI ст. активізують і походи на Чорне море. Для цього вони використовували чайки — невеликі судна, які мали приблизно 20 м довжини, бл. 4 м ширини та стільки ж глибинні, приводилися в рух 10— 15 веслами та вітрилами. З обох кінців чайки прилаштовували стерна, що дозволяло їй рухатися назад і вперед не розвертаючись, а щоб вона добре трималася на плаву, обабіч прикріплювали в'язки очерету. На озброєнні чайка мала 4—6 фальконетів (дрібнокаліберних гармат) та вміщала від 50 до 70 козаків. Кожен із них мав дві рушниці, шаблю, б—7 фунтів пороху, свинець тощо. Під час морських походів запроваджувалася сувора дисципліна. Влада старшини була необмеженою. Зрада та інші злочини каралися нещадно. Суворо пильнувалася тверезість.
Першу зафіксовану в історичних документах перемогу над турецьким військово-морським судном у Чорному морі запорізькі козаки здобули в квітні 1492 р., звільнивши українців, проданих у рабство. Як писав Михайло Грушевський, це була перша в історії офіційна згадка про дії козаків на морі і про запорожців узагалі.
Спершу в походах, переважно на Очаків та Кримське узбережжя, брало участь по кільканадцять чайок, але вже наприкін. XVI — на поч. XVII ст. козацький флот зріс до кількох сотень одиниць і, не вагаючись, нападав на турецькі фортеці та міста, включаючи й столицю Османської імперії — Константинополь, безстрашно вступав у відкриті поєдинки з потужними турецькими ескадрами. Вихід козацького флоту в Чорне море мав історичне значення, оскільки свідчив про подолання Україною турецько-татарської морської блокади, що перекривала шлях до Європи, та відновлення княжих традицій мореплавства.
Своїми відважними походами запорожці мстили турецько-татарським загарбникам за їх розбійницькі напади на українські землі. Так, у 1606 р. вони здобули турецьку фортецю Варну, яка вважалася неприступною. Ця звістка облетіла весь світ. Одночасно козаки спалили передмістя Кіпії та Акермана, захопили на морі 10 галер з усім вантажем і без великих втрат повернулися па Січ. У 1608 р., у відповідь на вихваляння кримського хана щороку доставляти султанові українських бранців, 3 тис. козаків, висадившись під Перекопом, розгромили півторатисячний загін яничарів, увірвалися до міста, забрали з собою всі гармати, визволили сотні полонених християн, а на честь перемоги відправили польському королеві узятого в полон намісника хана у Перекопі. У 1614 р. козацький флот із 40 чайок на чолі з П. Сагайдачним долає Чорне море і нападає на Трапезунд, спустошуючи західне узбережжя, штурмом бере Сіноп і спалює всю турецьку флотилію, що стояла у гавані. Дізнавшись про це, султан так розлютився, що наказав повісити великого візира (голову уряду). Але наступного року 4 тис. козаків під проводом П. Сагайдачного на 80-ти чайках вчинили нечуване зухвальство — атакували Константинополь, спаливши передмістя та порт. Розгніваний султан вислав за козаками погоню, яка наздогнала їх біля Очакова. Козаки дочекалися ночі, напали на турецький флот і вщент розбили, захопивши при цьому в полон його командувача. Тільки невелика кількість галер урятувалася втечею, а решту козаки демонстративно спалили на очах турецького гарнізону, що перебував у Очакові. Навесні 1616 р. султан, сподіваючись чергового морського походу козаків, завчасно направив навпроти них 14-тисячну ескадру. Та П. Сагайдачний на чолі 7-тисячного війська на 160 чайках провів блискучу морську операцію, розтрощивши під Очаковом турецький флот, командувач якого втік із поля битви, захопивши 16 галер і 100 допоміжних суден. Далі козаки здобули Кафу — великий невільничий ринок і визволили тисячі людей. Восени того ж року запорожці, очолювані славетним Сагайдачним, штурмом здобули Трапезунд, зруйнували передмістя турецької столиці Константинополя у спалили кораблі, які знаходилися у гавані, та, взявши велику здобич, повернулися на Січ. Ряд успішних морських походів козаків на Туреччину та Крим було здійснено також протягом 1620—1621 pp. Турецький хроніст Наїма з приводу козацьких походів наголошував: "Можна впевнено сказати, що не знайти в усьому світі людей більш відважних, які б так мало піклувалися про життя або так мало боялися смерті. Знавці військової справи твердять, що ця голота своїм хистом і хоробрістю в морських битвах перевершує всі інші народи".