Формуванню української державності стали на заваді несприятливі умови всередині Гетьманщини та невигідна для неї міжнародна ситуація. Про незавершеність цього процесу свідчать не диференційованість органів влади, невизначеність території та кордонів, паралельне існування двох влад — козацької та королівської, що було зумовлено визнанням гетьманом сюзеренітету (верховного права) короля Польщі. В Гетьманщині великих масштабів набули люмпенізація суспільства, анархо-охлократичні рухи соціальних низів.
Під час складання реєстру (гетьман наказував старшинам дещо збільшувати його) і повернення в Україну польської шляхти спалахнули повстання, які очолювали полковники-радикали: брацлавський — Данило Нечай, миргородський — Михайло Гладкий. На Микитинській Січі підняв бунт козак Черкаського полку Яків Худолій, якого навіть обрали гетьманом Війська Запорозького на противагу Хмельницькому. Коли ці повстання почали загрожувати стабільності козацького устрою, Б. Хмельницький 20 вересня 1650 р. видав універсал про застосування смертної кари до їх керівників та активних учасників. Деяких бунтівних старшин було страчено, зокрема й Я. Худолія. Наприкінці травня 1650 р. гетьман звільнив з посад кількох опозиційних старшин.
Дедалі більше ускладнювалось зовнішньополітичне становище Гетьманщини. Польща намагалася втягнути її до антитурецької ліги, кримський хан схиляв Б. Хмельницького до походу проти Москви. У серпні-вересні 1650 р. 70-тисячне козацько-татарське військо здійснило похід у Молдову, щоб примусити тамтешнього господаря Василя Лупула зайняти дружню позицію щодо України, а також видати дочку Розанду заміж за старшого сина гетьмана Тимофія.
У результаті місії до Стамбула київського полковника Антона Ждановича султан Мухамед IV навесні 1651 р. погодився вважати Б. Хмельницького своїм васалом, тримати при султанському дворі його постійного резидента. На знак приязні султан надіслав гетьману свій каптан, грамоту, пробачив похід у Молдову, велів кримському хану підтримувати союз із Б. Хмельницьким. Це відбувалося вже після того, як гетьман відправив посольство до російського уряду з проханням прийняти Військо Запорозьке під "государеву руку".
Після смерті в серпні 1650 р. канцлера Речі Посполитої Єжи Оссолінського, який був прихильником компромісу з козацтвом, у Варшаві посилила свій вплив партія непримиренних на чолі з гетьманом М. Потоцьким, яка виступала за ліквідацію козацького "бунту" силою. Воєнні дії відновилися в лютому 1651 р. нападом козаків полковника Івана Богуна на поляків, а наприкінці травня козацька рада прийняла ухвалу про наступ на Річ Посполиту.
Після поразки козацько-селянської армії під Берестечком влітку 1651 р. було підписано Білоцерківський мир (з 2 липня 1652 р. він не виконувався) як "милість короля до своїх підданих". Ним передбачалося зменшити кількість реєстрових козаків до 20 тисяч, під владою гетьмана залишалась тільки Київщина, він втрачав право на здійснення зовнішньої політики; до своїх маєтків поверталися шляхтичі та євреї. Договір сейм не ратифікував, що дало змогу Б. Хмельницькому його порушувати. Проте незгодних з договором козаків та старшин, які нападали на польських дипломатів, гетьман карав досить жорстоко — до сотні їх було страчено. Проте анти гетьманська опозиція не заспокоювалась, до неї входили полковники: чернігівський С. Подобайло, миргородський М. Гладкий, вінницький І. Богун, корсунський Л. Мозиря. Вперто зривалося складання реєстру в Білоцерківському та Корсунському полках.
На Лівобережжі з'явилися самозвані претенденти на гетьманську булаву, на Запорожжі підняв бунт М. Сулима, який хотів оголосити гетьманом Тимофія Хмельницького. Стративши кількох організаторів заворушень, гетьман у січні 1662 р. закінчив складання козацького реєстру.
Незадоволення народних мас труднощами війни проявлялося і в масовому переселенні на Слобожанщину — під захист московської влади. Тисячам козаків та посполитим Чернігівського, Ніжинського, Миргородського, Полтавського, інших лівобережних полків надавались там економічні привілеї та пільги. В листі до нового путивльського воєводи Ф. Хилкова Б. Хмельницький висловив бажання якнайшвидше бачити Україну під рукою московського царя. Щоб пригасити незадоволення, вже наприкінці березня 1652 р. гетьман відновив війну з Польщею, розгромивши 23 травня (1 червня) 20-тисячне військо польських гетьманів М. Калиновського і З. Пшиємського під горою Батіг. Щоб забезпечити синові Тимофію молдовський трон, Б. Хмельницький направив у Молдову Вінницький, Брацлавський, Уманський полки для боротьби з ворогами господаря Лупула. Похід закінчився восени 1653 р. поразкою козаків, загибеллю Тимофія, погіршенням відносин з Трансільванією і Валахією.
Загалом 1653 р. приніс Україні багато горя, соціальних потрясінь, дипломатичних і політичних невдач. Внаслідок спустошення Подільського воєводства й південної частини Волині в козацькій армії відчувалася нестача продовольства. У червні обурені козаки докоряли гетьману за продовження тривалих воєнних дій, потурання синові, за спустошення міст і сіл, голод, моровицю, неясність перспектив політичного становища Гетьманщини. На початку червня 1653 р. було розкрито чергову змову проти Б. Хмельницького, а її організаторів страчено. Людські втрати в чотирьох воєводствах України становили щонайменше 40—50 відсотків населення, багато козаків не могли виконувати військову повинність і переходили в стан міщан чи селян. Гетьман вдавався до репресивних заходів щодо козаків, які намагалися уникнути військової служби. Лютували епідемії чуми й холери. Наприкінці року виникла серйозна криза в українсько-кримських відносинах. Підписання у грудні кримським ханом сепаратного миру з Польщею було зумовлено забороною гетьмана брати ясир на козацькій території, зближенням з Росією (6 грудня 1653 р. на старшинській раді було схвалено рішення щодо московської протекції). У червні старшинська рада втретє відхилила ідею союзу з Оттоманською Портою, але її рішення Б. Хмельницький приховав від султана. Блокуванню з Туреччиною найбільше опиралися І. Виговський та А. Жданович.
Головні складові геополітичної рівноваги в регіоні змінилися не на користь української самостійності. Сталося це через політику Криму, що в 1649 р. дозволив Польщі уникнути розгрому під Зборовом, трагічну Берестейську битву 1651 р. Саме "кримський" чинник, провал зовнішньополітичного курсу гетьмана у Придунайському регіоні стимулювали становлення нової системи міжнародних відносин, що склалася після 1654 р. Вона зумовила масштабні геополітичні зрушення в центральноєвропейському регіоні.
Непорозуміння між Українською державою та Москвою
Криза козацької автономії
5.5. Розпад Гетьманщини
Запитання. Завдання
6. Ліквідація української державності наприкінці XVII — у XVIII ст.
6.1. Особливості територіально-політичного устрою Гетьманщини
6.2. Наступ на політичну автономію України. Правління гетьмана Івана Мазепи
Політичні причини та наслідки поразки І. Мазепи
6.3. Гетьман в екзилі. П. Орлик і його Конституція