Запорізька Січ стала тим місцем, де козацтво продовжило державницькі традиції України, що брали свій початок у Київській Русі, Галицько-Волинському королівстві, Литовсько-Руській державі. Воно витворило власну військово-політичну і господарську організацію, поступово перетворюючи її у своєрідну державу зі значними підконтрольними територіями, багатотисячною армією, адміністративним апаратом, скарбницею, звичаєвим правом та символікою (корогви, бунчук, булава, печатка із зображенням герба Запорізької Січі — козак із шаблею при боці й рушницею на лівому плечі). За формою правління це була демократична республіка, яка найбільше відповідала національному характеру українців. Тут діяв самобутній державний устрій, що виключав узурпацію влади козацькою старшиною, передбачаючи щорічні звіти та перевибори всіх посадових осіб.
Вищою законодавчою владою на Січі виступала Козацька рада, в якій мали право брати участь всі без винятку козаки й котра вирішувала найголовніші питання внутрішнього життя й зовнішніх відносив. "Тут, — за словами неперевершеного знавця історії Запорізької Січі Д. Яворницького, — панувала повна рівність між усіма членами общини; кожен користувався однаковим правом голосу, кожен міг відкинути пропозиції іншого і взамін запропонувати власні плани й міркування; проте, коли рішення було прийняте більшістю голосів на раді, воно ставало необхідним і обов'язковим для всіх ". Постанови на раді приймалися голосними вигуками присутніх, інколи доходило й до бійок (до речі, бійки у парламентах демократичних країн світу не дивина й сьогодні). Коли пропозиція схвалювалася, козаки підкидали вгору шапки. Козацька рада, як правило, збиралася тричі на рік: 1 січня, на 2—3-й день після Великодня та 1 (14) жовтня (на свято Покрови), а в разі потреби і в інший час. Вона укладала мир чи оголошувала війну, у виняткових випадках здійснювала судові функції, приймала й надсилала посольства, обирала козацький уряд — Кіш. На чолі Коша стояв кошовий отаман, який, об'єднуючи у своїх руках військові, адміністративні, судові й духовні справи, уособлював вищу виконавчу владу на Січі. Він відкривав Козацьку раду, командував військом, здійснював дипломатичні стосунки з іноземними державами, розподіляв військову здобич, затверджував обраних радою урядовців та судові вироки, призначав духовних осіб у січову й паланкові церкви тощо. У мирний час кошовий отаман не міг приймати важливих рішень без згоди Козацької ради, зате під час воєнних походів його влада була необмеженою.
Крім кошового отамана, до складу найвищих урядовців також входили суддя, писар та осавул. Військовий суддя чинив суд над порушниками козацьких законів, відав кошторисом і артилерією, при потребі виконував обов'язки кошового отамана. Військовий писар очолював військову канцелярію і письмово оформляв найголовніші січові справи. Військовий осавул стежив за порядком серед козаків та виконанням судових вироків, проводив дізнання з приводу різних суперечок і злочинів серед сімейних козаків, відав забезпеченням війська, розвідкою, організацією прикордонної служби тощо. Особливе місце відводилося курінним отаманам, які були посередниками між вищою старшиною і простим товариством, здійснювали керівництво куренями, члени яких їх і обирали. Після військової старшини й курінних отаманів за рангом ішли т. зв. батьки або "сивоусі діди" — колишні запорізькі військові старшини, досвід і авторитет яких давав їм моральне право слідкувати за дотриманням " одвічних порядків запорізької громади ". Якщо у діях когось зі старшини, вт. ч. й кошового, козаки вбачали якесь порушення своїх прав і вольностей, безвідповідальність чи шкоду для загалу, то на Козацькій раді їх у будь-який час могли позбавити посади, або й навіть скарати на смерть.
Вже на другу пол. XVI ст. Січ мала чітку військову організацію. Все запорізьке військо ділилося накурені, кількість яких зростала відповідно до збільшення козаків і досягла 38. Курінь — це і своєрідна казарма, у якій постійно проживали козаки, і адміністративна одиниця у самій Січі, і водночас завжди готовий до дії бойовий підрозділ. Сам курінь-казарма вміщував 150—200 чол., хоч загальна кількість приписаних до того чи іншого куреня могла досягти400— 600 осіб. Більшість із них тільки числилися за ним, проживаючи постійно разом із сім'ями при своїх господарствах на території, що підпорядковувалася Запорізькій Січі — у згаданих уже палапках (їх нараховувалося від 5 до 8) і з'являлися на Січ за першим наказом курінного отамана. До служби козак мав прибути із власною зброєю, обладунками, одягом і харчами. Загалом, згідно з даними Д.Яворницького, у період розквіту Запорізька Січ нараховувала в середньому 10—12 тис. добірного війська, а разом із мешканцями зимівників і слобід — бл. 100 тис. чол.
Формально підвладна урядові Речі Посполитої, Січ де-факто виступала як цілком самостійна політична сила не тільки у своїй внутрішній, а й у зовнішній політиці. Вже наприкін. XVI ст. вона починає відігравати помітну роль у міжнародних справах. Зважаючи на запорізьке козацтво як значну військову та політичну потугу, уряди Австрії, Венеції, Московщини, Туреччини, Молдавії, Трансільванії, Швеції, Кримського ханства, Персії та інших країн встановлюють із Січчю зв'язки. Немало козаків воювало в Європі на боці Австрії, Франції, Іспанії. Приблизно з поч. XVII ст. встановлюються сталі взаємини із Західною Грузією. Традиційно добросусідські стосунки і воєнний союз зберігали запорожці з донським козацтвом, координуючи з ним свої великі воєнні акції проти Кримського ханства й Османської імперії. Запорізька Січ активно втручалася в непрості відносини між Кримом і Туреччиною, допомагаючи першому в його боротьбі проти турецького втручання у внутрішні справи.
Залишилася цікава згадка сучасників про перебування козаків у Європі, яка є ніби портретом самого козацького духу воїнів, вимушених "іти в найми" для виконання військових завдань. Одного разу французькі воєначальники не дійшли згоди з козацькими чільниками з приводу платні за їхні "послуги", і французи зневажливо дорікнули їм за "принизливий меркантилізм": "Ми воюємо за нашу честь, а ви — за гроші". На що козаки відповіли: "Кожен воює за те, чого йому не вистачає".
5.3. Боротьба з турецько-татарською експансією
Турецько-татарська загроза
Козацтво на варті південних рубежів
Чорноморські походи
Петро Сагайдачний
Хотинська війна
5.4. Козацько-селянські повстання кінця XVI — першої половини XVII ст.
Перша проба сил: Косинський та Наливайко
Від Курукового озера до Кодацького порога