Після арешту І.Самойловича в князя Голіцина відбулася нарада з козацькими старшинами, на якій було домовлено, що новим гетьманом стане І.Мазепа, котрий належав до групи козацької старшини, незадоволеної політикою попереднього гетьмана, і мав давні зв'язки з Голіциним, а також що всі учасники змови проти Самойловича будуть підвищені в рангах. 26 липня 1687 р. надр. Коломак (тепер Харківська обл.) гетьманом було обрано генерального осавула Івана Мазепу (1687— 1709), який присягнув цареві на вірність і підписав новіт. зв. Коломацькі статті. Вони обмежували і навіть у дечому ліквідовували самостійну економічну, соціальну та зовнішню політику України: 1) влада гетьмана зводилася до поліційних функцій — стежити і сприяти виконанню численних царських заборон. Він позбавлявся права усувати з посади без царського дозволу вищу старшину, а старшина — скидати гетьмана. До того ж козацька старшина зобов'язувалася наглядати і доносити на гетьмана царському уряду; 2) заборонялися міждержавні відносини України. Листи й документи від сусідніх держав на назувалося, не розкриваючи, надсилати до Москви; 3) українське військо, що мало складати 30 тис. чол., зобов'язане було брати участь у воєнних експедиціях Московії; 4) в гетьманську столицю — Батурин вводився московський стрілецький полк; 5) українським купцям "под жорстоким наказанням" заборонялося торгувати в Московській державі, а також вести торгівлю з Кримом. Українці під загрозою смерті зобов'язувалися брати від царських вояків знецінені московські гроші; 6) вперше законодавчо формулювалася вимога злиття українського народу з московським, для досягнення чого рекомендувалося заохочувати змішані шлюби.
Іван Мазепа — один із найвидатніших і найбільш суперечливих політичних діячів України — народився бл. 1640 р. у с. Мазепинці на Київщині в українській шляхетській родині. Навчався у Києво-Могилянській колегії, а також єзуїтській колегії у Варшаві. Протягом 1656—1669pp. жив закордоном, де у Німеччині, Італії, Франції та Нідерландах вивчав військову справу, дипломатію, іноземні мови (володів польською, латинською, російською, татарською, італійською, французькою мовами). У 1659—1663 pp. перебував на службі при дворі польського короля, після чого повернувся в Україну. Під час боротьби між претендентами на гетьманську булаву, підтримав П.Дорошенка. У 1669 р. очолив його особисту охорону, ставши ротмістром надвірної хоругви козаків. Завдяки особистим здібностям незабаром став генеральним писарем. У 1674 р. брав участь у переговорах між гетьманами Дорошенком та Самойловичем. Згодом, їдучи з дипломатичною місією до Криму і Туреччини, був захоплений у дорозі кошовим отаманом Сірком і переданий І.Самойловичу. У 1682 р. Мазепа посів посаду генерального осавула в уряді лівобережного гетьмана. Як представник Гетьманщини, Мазепа часто був учасником переговорів з Московією, Кримським ханством, Туреччиною, Річчю Посполитою.
Ставши гетьманом, І.Мазепа прагнув об'єднати в єдиний державний організм усі українські землі. Його ідеалом була станова держава західноєвропейського типу зі збереженням традиційного козацького устрою. Виходячи з цього, він дбав про формування в Україні аристократичної верхівки, надаючи козацькій старшині значні землеволодіння, нові права та привілеї. Тисячі селян вільних військових сіл опинилися в руках нових панів. По суті, в Україні відбувалося зародження дворянства — зі спадковою владою, титулами, землями і залежними селянами. Це викликало незадоволення у середовищі окремих суспільних груп. Ряд заходів І.Мазепи, спрямованих на захист козаків, міщанства, духовенства, селянства, зокрема про обмеження панщини двома днями на тиждень, не привели до усунення соціальних протиріч і консолідації українського суспільства. Як показало майбутнє, саме соціальна політика гетьмана стала помилкою фундаментального характеру. У найвирішальніший момент широкі маси козаків і селян не підтримали планів Мазепи.
У значній мірі планам творення нової аристократичної верстви була підпорядкована культурно-просвітницька діяльність гетьмана. Він піклувався станом науки та освіти. У 1690 р. завдяки його підтримці зведено нове приміщення Києво-Могилянської колегії та збільшено кількість студентів до 2 тис, а в 1701 р. вона одержала статус академії. Саме тут формувалися ідеї, які визначали політичну ідеологію козацької аристократії і мали значний вплив на українську державну політику. За допомогою І.Мазепи створено Чернігівський колегіум (1700), засновано ряд інших шкіл і друкарень, щоб "українська молодь могла в повну міру своїх можливостей користуватися благами освіти". Чимало молодих людей вирушило за кордон здобувати знання в західноєвропейських університетах.
Значну частину своїх особистих прибутків гетьман скерував на розвиток релігії та культурних установ. По всій Гетьманщині збудовано цілу низку чудових церков у пишному стилі — т. зв. козацькому бароко. Зокрема, у 1698 р. зведено кафедральний собор у Переяславі, Богоявленську церкву Братського монастиря у Києві (зруйнована у 1934 р.) та дзвіницю собору св. Софії у Києві, до 1695 р. — обнесено новими мурами Києво-Печерську лавру. Допоміг І.Мазепа запорожцям вибудувати нову церкву в Січі. За галом, протягом 1687—1706 pp. завдяки І.Мазепі було побудовано, добудовано та реставровано не менше 20 величних споруд. Його почин наслідувала генеральна та полкова старшина.
І.Мазепа був покровителем літератури, знав твори західних авторів, зібрав значну бібліотеку. Підтримував творчість Д.Туптала, С.Яворського, І.Максимовича, інших вчених теологів і філософів. На його гетьманування припадає розквіт козацького літописання. Сам він був автором ряду віршів.
Зокрема, широковідомі його "Псалми", "Пісня", "Дума". В останній автор робить спробу з'ясувати причини попередніх невдач:
Всі покою щиро прагнуть,
А не в єден гуж всі тягнуть:
Той направо, той наліво,
А все, браття, то-то диво!
Не маш любви, не маш згоди
Од Жовтої взявши Води,
През незгоду всі пропали.
Самі себе звоювали!..
Закликаючи до єдності: "Озмітеся всі за руки", І.Мазепа закінчує свій твір досить символічно:
Самопали набивайте,
Острих шабель добувайте,
А за віру хоч умріте,
І вольностей бороніте!
Нехай вічна буде слава.
Же през шаблі маєм права!
Спроби возз'єднання України
Загострення українсько-московських протиріч
Українсько-шведський союз та його невдачі
Пилип Орлик
8.2. Посилення наступу російського царизму на автономний устрій України, його остаточна ліквідація
Іван Скоропадський
Павло Полуботок
Данило Апостол
"Правління Гетьманського Уряду"