Головним органом СНД є Рада голів держав-учасниць, що обговорює і вирішує принципові питання, пов'язані з діяльністю держав-учасниць, які стосуються їхніх спільних інтересів, а також розглядає будь-які питання, в яких зацікавлені окремі держави-члени Співдружності, враховуючи інтереси решти учасниць.
Рада голів держав-учасниць на своїх засіданнях приймає також рішення щодо:
— внесення поправок до Статуту СНД;
— створення нових або ліквідації існуючих органів Співдружності;
— оптимізації структури СНД, удосконалення діяльності органів Співдружності;
— заслуховування доповідей про діяльність органів СНД;
— призначення голів органів, що відносяться до її компетенції;
— делегування повноважень іншим органам СНД;
— затвердження положень про органи СНД, що входять у її компетенцію.
Рада голів держав-учасниць збирається на засідання двічі на рік. За ініціативою будь-якого з членів можуть скликатися позачергові засідання Ради. Діяльність Ради голів держав і Ради голів урядів регулюється Договором про створення СНД від 8 грудня 1991 року, Статутом Співдружності від 22 січня 1993 року, документами, прийнятими в процесі їхнього розвитку, а також Правилами процедури Ради голів держав і Ради голів урядів СНД, затвердженими Рішенням Ради голів держав від 17 травня 1996 року. Рішення Ради голів держав і Ради голів урядів приймаються консенсусом. Проте будь-яка з держав-членів може заявити про свою незацікавленість тим чи іншим питанням і це не повинно розглядатись в якості перешкоди для прийняття рішення. Тому прийняті рішення можуть стосуватися не всіх держав-членів. Основною правовою базою міждержавних відносин у рамках Співдружності є багатосторонні і двосторонні договори в різних сферах взаємовідносин держав. Головування в органах СНД здійснюється згідно з рішенням Ради голів держав від 2 квітня 1999 року по черзі кожною державою-членом в особі її представника на основі принципу ротації, терміном не більше одного року. Попередній і наступний голова органу Співдружності будуть його співголовами. Це узгоджується з міжнародною практикою, досвідом функціонування вищих і координаційних органів СНД.
Рішенням Ради голів держав від 26 січня 2000 року Головою Ради голів держав був затверджений Президент Російської Федерації В. Путін. На Мінському саміті СНД 1 червня 2001 року голови держав вирішили продовжити головування в своїй Раді Російської Федерації в особі Президента В. Путі на.
З 29 січня 2003 року Головою Ради голів держав СНД був обраний український Президент Л. Кучма.
20 березня 1992 року в Києві відбулося засідання Ради голів держав СНД. Особлива увага приділялася військовим питанням. Були вирішені проблеми, пов'язані з повноваженнями вищих органів СНД з питань оборони, командування Об'єднаними Військовими Силами СНД, правових основ діяльності ОВС і принципів їх комплектування. Прийнято такі документи: Договір про групи військових спостерігачів і Колективних сил з підтримки миру в межах СНД, Угода про статус Прикордонних військ СНД, Декларація про незастосування сили чи погрози силою у взаємовідносинах між державами-членами СНД.
15 травня 1992 року в Ташкенті був підписаний Договір про колективну безпеку.
24 вересня 1993 року глави держав СНД підписали Договір про створення Економічного союзу, що базується на концепції трансформації економічної взаємодії в рамках СНД; на порозумінні необхідності: формування загального економічного простору, заснованого на вільному переміщенні товарів, послуг, робочої сили, капіталів; розробки погодженої грошово-кредитної, податкової, цінової, митної, зовнішньоекономічної політики; зближення методів регулювання господарської діяльності; створення сприятливих умов для розвитку прямих виробничих зв'язків.
4 червня 1999 року в Мінську підписано Договір про співробітництво держав-учасниць СНД у боротьбі з тероризмом (учасниці — Азербайджан, Російська Федерація, Таджикистан).
21 червня 2000 року в рамках проведення саміту країн СНД у Москві Рада голів держав СНД затвердила Програму боротьби з міжнародним тероризмом та іншими проявами екстремізму на період до 2003 року. У контексті реалізації цієї Програми 1 грудня 2000 року держави-члени СНД під час проведення саміту у Мінську дійшли згоди щодо створення Антитерористичного центру (АТЦ).
1 червня 2001 року Рада голів держав СНД прийняла рішення про координацію зовнішньополітичної діяльності і доручила Раді міністрів закордонних справ СНД вжити заходів з метою підвищення ефективності координації цієї діяльності, передусім у рамках ООН і ОБСЄ. Азербайджан, Грузія та Україна не координують свою зовнішньополітичну діяльність з іншими державами у форматі СНД.
29—30 листопада 2001 року у Москві відбувся ювілейний саміт СНД. У прийнятій Радою Заяві у зв'язку з 10-річчям утворення СНД подано оцінку історичного шляху Співдружності, підтверджено прихильність держав-учасниць її динамічному розвитку, визначено важливі напрями співробітництва. До порядку денного було включено питання щодо ситуації навколо Афганістану. Було схвалено Положення про порядок організації та проведення спільних антитерористичних заходів на територіях держав-учасниць СНД. Україна приєдналась до цього Положення із застереженнями, що її участь у спільних антитерористичних заходах відповідатиме вимогам національного законодавства.
18—19 вересня 2003 року відбувся Ялтинський саміт, на якому розглядалися актуальні питання співробітництва в соціальній, гуманітарній, військовій та інших сферах взаємодій держав, були проаналізовані результати виконання Програми дій з розвитку СНД на період до 2005 року. Лідери країн СНД визнали безумовний пріоритет формування і функціонування зони вільної торгівлі з поступовим розширенням інтеграції до єдиного економічного простору. Була прийнята відповідна Заява і затверджений План реалізації важливих заходів, спрямованих на розвиток і підвищення ефективності взаємодії держав-членів СНД в економічній сфері на 2003—2010 роки. План складається з 10 розділів і включає більше 70 заходів. У ньому береться до уваги світовий досвід з такими головними напрямками діяльності: нормативно-правова база, раціональне використання паливно-енергетичних та інших видів ресурсів, розвиток транспортних комплексів, технічна модернізація виробництва, підвищення конкурентоздатності продукції, спільні програми з метою витіснення тіньової економіки.
1.1.2.3. Міжпарламентська Асамблея СНД
1.1.2.4. Рада міністрів закордонних справ
1.1.2.5. Рада міністрів оборони держав-членів СНД (РМО)
1.1.2.6. Рада командувачів Прикордонними військами (РКПВ)
1.1.2.7. Економічний Суд СНД
1.1.2.8. Міждержавний економічний комітет
1.1.2.9. Виконавчий Комітет
1.1.2.10. Економічна Рада СНД
1.1.2.11. Органи галузевого співробітництва