Поява козацтва і, особливо, його кількісне зростання за рахунок масових втеч залежного населення з панських маєтків викликали активну протидію магнатів та шляхти. Вони не могли змиритися з формуванням окремого незалежного від них соціального стану та прагнули заволодіти освоєними козаками землями. Тому випрошували в королів грамоти на ці новоколонізовані простори, захоплювали їх, намагалися встановити владу над тутешнім вільним людом. Окремі добивалися посад старост королівських маєтностей чи намісників великих магнатів і за їх розпорядженням будували тут замки для наступу на козаків та захисту володінь від татарських вторгнень. Натиск панства змусив частину козацтва піти на компроміс, зокрема погодитися виконувати сторожову службу у прикордонних замках, поповнити загони панських "служебників" тощо. Ті козаки, що не хотіли миритися з таким становищем, спочатку відповідали повстаннями, як це трапилось у 1636 р. у Канівському та Черкаському староствах, а потім почали відходити на "Низ". Тут, задніпровськими порогами, вони буду вали, зв. городці та засіки чи "січі" з повалених дерев для захисту від ворожих нападів. Згодом на місці дрібних звели одну головну — Запорізьку Січ, яку М.Грушевський назвав "огнищем козацької сили, солідарності, організованості".
Організація Січі
Створення Запорізької Січі стало потужним імпульсом для консолідації українського козацтва, формування його самосвідомості та утвердження організаційної структури. Першу велику Січ на початку 50-х років XVI ст. заснував на о. Мала Хортиця (нині на території м. Запоріжжя) Дмитро Вишневецький ("Байда") — український князь зі старовинного волинського роду Гедиміновичів, власник земельних маєтків у Кременецькому повіті (ниві у межах Тернопільської обл.)у обіймав високу посаду черкаського і канівського старости. Все свідоме життя присвятив боротьбі проти татарських і турецьких загарбників, просив підтримки у литовського, польського, московського урядів, але допомоги не отримав. Тому зв'язав свою долю безпосередньо з козацтвом і першим з української знаті перейшов на прожиття за Дніпровські пороги. Його організаторська діяльність, за словами історика В. Сергійчука, дозволила згуртувати дніпровську вольницю навколо Січі, зробити її авторитетним ядром, свого роду притягальною силою для всіх, хто не хотів визнавати над собою влади магнатів, ладен був стати на боротьбу з гнобителями українського народу. Саме Д. Вишневецький, заклавши на Хортиці перший укріплений замок, поводячи себе незалежно від намагань польського уряду тримати Січ у повному підпорядкуванні, почав відособлювати запорізьке козацтво в автономну, а згодом і в самостійну від польсько-литовської держави організацію. Невдалий похід князя у Молдавію 1563 р. на чолі козацького війська, полон і трагічна загибель у Царгороді, де був скинений з вежі на залізні гаки, вмуровані у стіну, не дали йому можливості до кінця реалізувати свої задуми. За подвижницьку діяльність народ у піснях і думах увіковічив відважного провідника козацтва.
Територія, яку займали запорожці — " Вольності Війська Запорізького" — охоплювала значну частину Півдня України (землі сучасної Дніпропетровської і Запорізької областей, частково – Кіровоградської, Одеської, Миколаївської, Херсонської, Донецької областей), але до кін. XVII ст. не була чітко окреслена і змінювалася залежно від політичних обставин. Столицею запорізької вольниці була Січ — своєрідне місто-фортеця. Назва "Січ " походить від слова " сікти ", тобто " рубати", і первісно означала укріплення з дерева та хмизу. Нерідко поряд із цією вживалася й інша назва - "Кіш", яка у татар означала військову ставку, місцезнаходження вождя. Отже, ці слова вживалися для означення столиці запорізького козацтва та його уряду. У різні часи вона розташовувалася у різних, але завжди добре захищених природою місцях. Після татарського погрому у 1557 р. на Хортиці Січ по черзі знаходилася на 0. Томаківці(1560—1593), р. Базавлук(1593—1638), Микитиному Рові(1638—1652), р. Чортомлик (1652— 1709), р. Кам'янці (1709— 1711), в Олешках (1711 —1734), нар. Підпільній (1734—1775). Кожна з них мала гарні укріплення: оточені ровами, високі (бл. 10 м) й міцні вали, зверху яких ішов дерев'яний частокіл із загострених і просмолених паль, а також сторожові башти з бійницями для гармат. Тут вартували козаки, які в разі небезпеки піднімали по тривозі весь січовий гарнізон. Усередині стояли курені — великі приміщення для козаків, вроблені з лози, а згодом — із дерев'яних колод, вкриті очеретом або шкурами тварин, канцелярія, склади, арсенали, ремісницькі майстерні, торговельні лавки тощо. У центрі знаходилися церква та майдан, де відбувалися загальні ради та інші громадські заходи. На майдані стояли військові литаври (ударний інструмент), котрі служили для скликання на козацькі ради, і " ганебний стовп", біля якого карали винних. У передмісті Січі жили тисячі ремісників, торговців, спеціальне приміщення призначалося для проживання іноземних послів. Підступи до Січі охоронялися козацькими чатовими, що снували неподалік по численних плавнях і річках, та вартовими вежами, виставленими далеко у степу.
Чисельність січового товариства не була сталою і, як правило, залежала від пори року: взимку на Січі перебував лише невеликий гарнізон, який охороняв майно, військові припаси, артилерію, виконував сторожову службу, а з настанням весни вона, образно кажучи, перетворювалася нелюдський мурашник. У мирний час козаки насамперед займалися промислами й скотарством, а в паланках (адміністративно-територіальних одиницях (округах) у межах "Вольностей Війська Запорізького") — землеробством, що базувалося на фермерських засадах. Але головним їхнім обов'язком був захист рідної землі від турецько-татарських загарбників. Водночас Січ завжди виступала проти соціального та національно-релігійного гноблення, була притулком втікачів від панського гніту, підтримувала в українському народі дух протесту.
Адміністративно-політичний устрій
Військове мистецтво, побут та звичаї
5.3. Боротьба з турецько-татарською експансією
Турецько-татарська загроза
Козацтво на варті південних рубежів
Чорноморські походи
Петро Сагайдачний
Хотинська війна
5.4. Козацько-селянські повстання кінця XVI — першої половини XVII ст.