Системи екологічного управління мають у своєму підґрунті такі фундаментальні складові: екологічні закономірності; регулятивні закони; екологічну політику; стандарти, нормативи, ліміти; методології системного підходу; кадастри і механізми (методи) управління.
Екологічні закономірності. До об'єктивно існуючих науково-систематизованих законів функціонування системи людина—природа" належать екосистемні закони, закони соціальної екології та екологічної рівноваги.
Порушення цих законів призводить до екологічних криз, катастроф, деградації середовища. Екологічні закономірності є базовими для гармонізації системи "природа—суспільство" і для системного екологічного управління.
Регулятивні закони. Перш за все це Конституція України. Саме вона визначає права громадян на екологічно безпечне життя і відповідні обов'язки держави щодо гарантування цих прав. Регулятивним законодавством України визначаються функції екологічного управління, повноваження та відповідність органів управління, механізми забезпечення здійснення функцій і повноважень.
Екологічна політика. Визначає цілі і пріоритети, основні напрями екологічної діяльності суб'єктів управлінського апарату, вимоги до самої системи екологічного управління. Вона подається у вигляді офіційного документа, що затверджується і декларується компетентними органами влади.
Стандарти, нормативи, ліміти. Основою екологічного управління є контроль відхилень від гранично допустимих нормативів забруднень навколишнього природного середовища, його екологічної чистоти, встановлених лімітів природокористування. Екологічне управління використовує базові стандарти, додержання яких забезпечує високий рівень ефективності.
Методологія системного підходу. Мається на увазі методологія підготовки і прийняття рішень, вирішення складних проблем. Вона ґрунтується на системному мисленні управлінського персоналу, доскіпливому аналізі різних ситуацій, а також на системній моделі об'єктів управління. Застосування методології системного підходу сприяє прийняттю оптимальних управлінських рішень, досягненню кінцевого результату з мінімальними витратами й у найкоротші строки.
Кадастри. Ведення комплексних державних кадастрів природних ресурсів орієнтоване на вивчення та облік потенціалів, запасів та обігу (самовідновлення) природних ресурсів, оцінку ресурсного потенціалу, а також умов відновлення ресурсів басейнів, регіонів і країни в цілому. Саме на основі кадастрів проводиться аналіз і прогнозування ресурсної бази економіки, що дає підстави говорити про якість навколишнього середовища, розробляти державні програми комплексного освоєння та запобігання виснаженню природних ресурсів.
До сфери вивчення, обліку і ведення державних кадастрів входять, крім традиційних природних об'єктів, такі природні ресурси, як асиміляційний потенціал, продукційний потенціал, кліматичні ресурси, господарська ємкість екосистем.
Механізми управління. Складаються з груп екологічних і функціональних механізмів екологічного управління, які є водночас механізмами гармонізації співіснування суспільства і природи. До екологічних належать механізми біотичного регулювання навколишнього природного середовища, еколого-господарського балансу територій, обліково-кадастровий та екологічного моніторингу. До функціональних належать економічний, адміністративний, інформаційно-контрольний та громадський механізми.
Екологічні механізми спираються переважно на екологічні закономірності співіснування суспільства і природи, а функціональні — на регулятивне екологічне національне й міжнародне законодавство, стандарти і норми.
Механізм біотичного регулювання навколишнього природного середовища.
Механізм еколого-господарського балансу територій.
Кадастровий механізм.
Законодавчий і нормативно-правовий механізм.
Система економічних важелів і стимулів.
Система обов'язкової відповідальності.
Адміністративний механізм.
Інформаційно-контрольний механізм.
Науково-освітній механізм.