У полеміці з іуком Ньютон схематично окреслив деякі риси компромісної теорії, що поєднує хвильові й корпускулярні уявлення. Насамперед він указує, що теорія світлових корпускул ні в якому разі не повинна однозначно поєднуватися з відкритим ним законом поширення, заломлення й відбивання світла. Однак навіть ця теорія аж ніяк не виключає хвильових уявлень. Коливання ефіру, вважає Ньютон, необхідні для пояснення оптичних явищ навіть коли припустити існування світлових корпускул. Корпускули світла, потрапляючи поверхні, що мають здатність заломлювати чи відбивати, спричинюють коливання ефіру. Хвилі ефіру можуть мати різні довжини, і це дозволяє пояснити цілий ряд оптичних явищ.
Надалі Ньютон продовжував розвивати уявлення про витікання частинок, що спричинюють виникнення хвиль в ефірі. Він вважав, що в безповітряному просторі залишається деяке матеріальне середовище — ефір, надзвичайно розріджений, тонкий і пружний. Ефір пояснює різноманітні фізичні явища — магнітні, електричні і навіть тяжіння. Ньютон у суто картезіанському дусі описує різні найтонші флюїди, з яких складається ефір.
Електричне притягання й відштовхування пояснюється виділенням тонкого флюїду при терті. Зазначений флюїд, поширюючись навколо натертого скла, циркулює в різних напрямках і захоплює собою легкі тіла, повертаючись зрештою назад у скло і тут згущуючись. Притягання тіл до Землі пояснюється рухом іншого компонента ефіру. Гравітаційний флюїд проникає до поверхні пор речовини. Завдяки цьому Земля всмоктує ефір і згущує його у своїх порах. Тому ефір прагне повернутися назад до Землі і тягне за собою тіло. Він давить на це тіло пропорційно поверхні частинок. У надрах Землі відбуваються складні реакції, що перетворюють ефір на звичайну речовину і, у свою чергу, виробляють ефір з інших речовин. Ефір входить у тіло таким чином, що щільність його в глибині тіл менша, ніж на їхній поверхні. Поширення світла пов'язане з коливанням ефіру. Подібними ж гіпотетичними моделями Ньютон пояснює заломлення й відбивання світла, кольори вузьких смуг спектра й т.д. Коливання ефіру підтримують рух частинок під час процесів бродіння, гниття й горіння речовин. Для того, щоб примусити свої м'язи скоротитися, людина стискає ефір, який їх наповнює. У цьому процесі бере участь ще один інгредієнт ефіру — "тваринний флюїд".
Протягом наступних років Ньютон продовжував конкретизувати гіпотезу ефіру. Він припускав, що весь простір заповнений ефіром, який може стискатися й розширюватися і має дуже велику пружність. Далі припускалося, що ефір проникає в тіла через їхні пори, причому чим тонші пори, тим розрідженіший ефір, що наповнює ці тіла. Проникненням ефіру в пори Ньютон пояснює відштовхування й притягання тіл, незмочуваність деяких тіл, тяжіння.
Протягом життя Ньютон висловив цілий ряд суперечливих ідей, пов'язаних з ефіром. С. І. Вавілов пояснює ці суперечності тим, що Ньютон у першу чергу описує емпіричні властивості світла, а потім намагається довести, що деякі з них можуть бути витлумачені за допомогою ефіру, далі демонструє протиріччя між іншими властивостями світла й існуванням ефіру і, нарешті, зупиняється на динамічному трактуванні фізичних процесів без будь-яких кінетичних гіпотез.
Очевидно, Ньютон розумів, що без кінетичних моделей ефіру не можна предметно розмірковувати про світло, електрику й тяжіння, але в той же час остерігався пов'язувати з гіпотезою ефіру свої механічні й оптичні закони, які він вважав абсолютними, безперечними й такими, що безпосередньо випливають з чистого досвіду. Під впливом дуже різних чинників у фізиці Ньютона й у фізичних передумовах його механіки ідея порожнього простору відігравала більш важливу роль, ніж протилежна ідея — матеріального середовища, завдяки якому відбувається взаємодія тіл. У роботах з оптики й, взагалі, у дослідженнях, пов'язаних з експериментами, Ньютон найчастіше звертається до уявлення про ефір, але в його математичних, механічних та астрономічних побудовах простір трактується як порожнеча,
В "Оптиці" Ньютон називає простір "умістилищем Бога". Ця містична концепція була довільним догматичним абсолютизуванням умовної абстракції порожнього простору та дії через порожнечу.
Складні й часто суперечливі ідеї Ньютона щодо ефіру й порожнечі приводять його зрештою до практичного заперечення ролі ефіру в однозначній науковій картині світу. Ефір фігурує як дидактична гіпотеза; порожнеча заповнена агентом, який іноді схожий на ефір, а частіше — на нематеріальну субстанцію; але туди, де царюють закони, входить лише протилежність між порожнечею і матеріальними тілами, що рухаються в ній. У Декарта картина світу позбавлена об'єктивних якісних відмінностей, у Ньютона ж таке уявлення присутнє, але тільки одне: розрізнення простору й матерії.
2.8.3.9 Простір, час, рух
2.9 Від геометричного методу до аналітичної механіки
2.9.1 Принцип найменшої дії
2.9.2 Принцип Даламбера
2.9.3 Аналітична механіка матеріальної точки й динаміка твердого тіла Ейлера
2.9.4 Аналітична механіка системи матеріальних точок і тіл Лагранжа
2.9.5 Розвиток аналітичної механіки
2.9.5.1 Принцип Гамільтона
2.9.5.2 К. Г. Якобі