Перебравши булаву з рук Федора Іваники, кошовий отаман Филон Лихопій одразу мусив готувати своє воїнство до війни з кримськими татарами. У цей фатальний для гетьмана Самойловича похід українські війська вирушили навесні 1687 року. Росіянами командував князь Василь Голіцин, військом гетьманської України - гетьман Іван Самойлович; а запорізькими козаками — отаман Филон Лихопій.
Як ми вже знаємо, татари підпалили степ, і таким способом звели зусилля воєначальників-слов'ян нанівець. Внаслідок інтриги групи старшини, яку очолював майбутній гетьман Мазепа, Самойлович пішов під арешт. Його звинуватили в тому, що наказав підпалити мости, через які мала відступати російська армія. Мостів він, звичайно, не підпалював, - у цьому не було жодної потреби, і ніякого сенсу, але це вже нікого не цікавило: булава переходила до Мазепи.
До речі, Самойлович, очевидно був особисто знайомий з Лихопоєм. Збереглося свідчення, що в 1682 році Лихопій та Іваника, "з ласки" самого Самойловича, зимували на одній із "станцій" (станиць) Полтавського полку, де й здійснили напад на татарських купців, мабуть, вважаючи що добро їхнє в Україні ж таки й награбоване.
Проте всі ці інтриги не вдовольняли кошового Лихопоя. Він зі своїми лицарями зостався на пониззі Дніпра, щоб разом із загоном воєводи Косагова стримувати турків і татар. Поблизу міста Кизикермена козаки дали туркам бій. Кошовий так його повів, що захопив п'ять гармат і близько тридцяти полонених, не втративши при цьому жодного козака.
У своєму донесенні в Москву, воєвода, ратники якого теж брали участь у побойовиську, пояснив такий успіх "заступництвом Богородиці та Пріснодіви Марії*. Може, воно й справді було так.
Проте слава, як відомо, припадає не "Пріснодівам", а полководцям. Втім, Лихопоєві слава не допомогла: восени запорожці гукнули собі вже іншого кошового - Григорія Сагайдачного. Одначе авторитет Лихопоя від цього не похитнувсь. У грудні 1687 року він очолив велике козацьке посольство до Москви, яке повезло до столиці двох татарських "язиків*, що мали повідомити про підготовку хана до походу на Росію.
До речі, Филон Лихопій став першим козацьким полковником, який дізнався - ще перебуваючи у Москві, - що росіяни мають намір збудувати на Запоріжжі, на річці Самарі, свою фортецю. І повідомив про це Г. Сагайдачному. Рішення Москви викликало різке невдоволення серед козацтва. Можливо, саме на його хвилі козаки позбавили булави Сагайдачного й знову обрали Лихопоя. На жаль, кошовий нічого не міг протиставити намірові росіян, оскільки гетьман Мазепа цей намір схвалив і навіть сам їздив на Самару - наглядати за перебігом будівництва. Та все ж Лихопій написав різкого листа воєводі Косагову, в якому звинуватив росіян у тому, що вони позбавили козаків угідь по річці-Саг марі. Листа було складено в такій різкій формі, що він скидався на ультиматум. Це не сподобалось ні росіянам, ні Мазепі, який тоді ще тримався проросійської орієнтації. Чи принаймні вдавав, що тримається її беззастережно. Через інтриги людей, що поділяли погляди Мазепи та були схильні до щонайтісніших стосунків з росіянами, Лихопоя наприкінці 1688 року запорожці вдруге позбавляють булави і передають її полковникові Івану Гусаку.
Судячи з усього, Лихопоєві не хотілося залишатись на зиму на Січі та ставати в опозицію до новообраного кошового, і він з кількома своїми прибічниками подався до гетьманської України. Й ось тут став учасником ще однієї інтриги гетьмана Мазепи. Відчувши, що І. Гусак не підтримує його, і Січ поступово переходить на протилежні позиції, Мазепа просить Лихопоя повернутися на Запоріжжя та від імені гетьмана, тобто Мазепи, звернутися до товариства з пильним проханням негайно позбавити Гусака права на булаву. Бо тільки так можна зберегти "вірність московським государям*. Разом з тим гетьман усно й листовне (листа Лихопій мав зачитати на козацькій Раді) вимагав, щоб січовики поклали, нарешті, край перемир'ю з татарами, а отже й турками.
Завдання, що його дістав Лихопій, погодьтеся, було не лише делікатним, а й небезпечним для життя. Колишній кошовий добре знав традицію козаків: якщо хтось приносив їм "небажаного", а тим паче - образливого листа, вони або забивали його кийками просто на січовому майдані, або ж топили в Дніпрі. А понад те, гетьман іще й сподівався, що Лихопій стане його постійним агентом на Січі й повідомлятиме про все, що там діється, та про наміри кошового і настрої товариства...
Лихопій виконав завдання за власним кодексом честі. На роль інформатора погоджуватися навіть не збирався. Гетьманового листа козакам зачитав, усні вимоги переказав. Але сам агітувати за розрив із татарами і тісніший союз із росіянами не захотів. І не зі страху перед запорожцями, а тому, що не зрікся давніх своїх поглядів та неприязні до московітів. Це сподобалося козакам, і вони його за небажані для себе звістки та гетьманові вимоги не скарали.
Останнє варте уваги повідомлення про колишнього кошового Филона Лихопоя датується 23 жовтня 1693 року. Саме того дня гетьман Мазепа доповідав московським царям - Іоанну, Петру та Софії, - що козаки знову розпочали бойові дії проти татар і турків. Як приклад цього, він повідомляв, що полковник Филон Лихопій зробив рейд на турецько-татарське місто Кизикірмен (Казикірмен) і розбив там великий загін турків, захопивши при цьому полонених, яких мав намір обміняти на козаків, що колись потрапили в полон до турків. Отже, лицарське служіння Ф. Лихопія січовому товариству та Україні тривало.
Яків Лизогуб, полковник чернігівський, генеральний бунчужний, генеральний обозний, канцлер України, наказний гетьман.
Петро Сорочинський, кошовий отаман, полковник Війська Запорізького.
Яким Богуш, наказний кошовий отаман запорізького козацтва.
Йосип Кириленко, кошовий отаман запорізького козацтва.
Іван Малашевич, кошовий отаман запорізького козацтва.
Павло Полуботок, наказний гетьман України.
Данило Апостол, полковник миргородський, гетьман України.
Кирило Розумовський, граф, гетьман Лівобережної України, генерал-фельдмаршал.
Іван Білецький, кошовий отаман запорізького козацтва.