Кіш як центральний орган управління відав адміністративними, військовими, судовими й навіть духовними справами козацького товариства. Він складався з військової (командної) старшини, до якої входили отаман, суддя, писар і осавул. На чолі коша стояв виборний кошовий отаман.
Кожного кошового обирали на рік, виняток робили лише для небагатьох особливо видатних осіб. Наприклад, Іван Сірко був кошовим протягом 15 років, Петро Калнишевський - протягом 12 років. Проте й вони щороку обиралися загальною радою запорозького товариства. Вибори кошового отамана знаменували кульмінаційний момент ради, оскільки від його діяльності значною мірою залежало життя на Січі протягом цілого року. Кошовий отаман зосереджував у своїх руках велику військово-адміністративну та судову владу. Він наділявся надзвичайними повноваженнями під час воєнних дій, але ніколи не був необмеженим диктатором. У своїх діях кошовий отаман керувався козацькими звичаями і традиціями. У мирний час владу кошового отамана обмежували: щорічний звіт перед військовою радою, річний термін перебування на посаді, а також сама військова рада, яка будь-коли могла зажадати звіту отамана. Кошовий отаман керував усіма галузями козацьких вольностей у Січі, паланках, зимівниках; від імені товариства вступав у дипломатичні зносини з іншими державами. Кошовий затверджував обраних або призначених козаків на посади, а також розподіл земель (паланок) і трофеїв між куренями; вирішував питання прийняття козаків до війська або їх звільнення. Як верховному судді йому належало остаточне вирішення або затвердження у справі, вибір виду й міри покарання винного чи злочинця. Тож найчастіше кошовий отаман виступав у ролі найвищої апеляційної інстанції. Іноді, залежно від ситуації й характеру порушення заведеного порядку, він розглядав провину безпосередньо. До обов'язків кошового входило також призначення духовних осіб у січову й паланкові церкви.
Другою після отамана особою в Запорозькій Січі був військовий суддя, який виступав гарантом дотримання споконвічних звичаїв січової спільноти. У виконанні своїх основних функцій військовий суддя керувався не писаним законом, а переказами й традиціями, закріпленими багатовіковим досвідом народу. На суддю покладався обов'язок вершити судочинство "швидко, справедливо та безпристрасно". Він розбирав кримінальні й цивільні справи, чинив суд над злочинцями, давав поради протиборчим сторонам, але найбільш складні й відповідальні справи разом із своїми пропозиціями передавав для остаточного затвердження кошовому отаманові або раді. За відсутності кошового отамана суддя переймав його обов'язки, тобто ставав наказним кошовим отаманом. За допомоги військового скарбничого він регулював витрати коштів на, Січі та виконував обов'язки начальника артилерії. Зовнішньою ознакою влади військового судді була велика срібна печатка, яку він мусив завжди мати при собі під час загальних рад і скріплювати нею всі постанови січового товариства.
Військовий писар від імені кошового отамана й товариства складав і підписував документи. Він відав усім діловодством і мав значний вплив на адміністративну діяльність Запорозької Січі. Писар отримував усю офіційну кореспонденцію, що надходила на Січ, на ім'я кошового і всього Низового Запорозького війська. Очолював січову канцелярію. В його розпорядженні перебував один помічник (підписарій) та декілька писарчуків - служителів канцелярії. Писар був начальником для всієї військової старшини, що обіймала посади писарів у паланках і похідних командах. Він провадив дипломатичну переписку. Ніхто з козаків чи старшин не мав права приймати офіційну кореспонденцію, так само як і відправляти листи від імені товариства. Значення військового писаря було дуже великим. Нерідко писар істотно впливав на настрої кошового та й усього товариства, тримав у своїх руках привідні механізми політичного та громадського життя Січі.
В обов'язки військового осавула входила організація й ведення прикордонної служби запорозьких земель, охорона зимівників і шляхів на Січ по Дніпру й на суходолі. Згідно з сучасними уявленнями, він поєднував поліційні та комендантські функції. Осавул проводив слідство та виконання судових вироків, керував несенням караульної служби, клопотався розподілом платні та провіанту. Знаком влади військового осавула була дерев'яна палиця зі срібними кільцями з обох боків. Помічниками осавула обиралися підосавул та обозний. Разом з обозним військовий суддя підтримував дисципліну й порядок у війську, у фортеці Січі та похідних таборах.
До гурту командної військової старшини входили також курінні отамани. На Січі вони користувалися великою повагою. В курінні обирали козаків бувалих, заслужених і рішучих. Вибори курінного отамана були справою лише певного куреня, без втручання козаків з інших куренів. Згідно з традиційними уявленнями, що панували в січовому середовищі, курінні отамани мали турбуватися про козаків свого куреня, як батьки про своїх дітей. Відповідно й у разі якоїсь провини підлеглого їм козака курінні не потребували додаткових санкцій для того, аби покарати винного. Нерідко курінні отамани користувалися серед своїх козаків значно більшим авторитетом, ніж кошова старшина. Нерідко, аби вплинути на товариство, військова старшина була вимушена звертатися по допомогу до курінних отаманів. У державній структурі козацької республіки посада курінного отамана була передовсім адміністративно-господарчою та військово-мобілізаційною. Курінний отаман забезпечував козаків стріливом і продуктами харчування, вносив прибулих у козацькі списки, організовував їхнє навчання, розбирав суперечки між козаками, судив їх. У бойових умовах накази курінного отамана (наказний курінний отаман) виконувалися негайно, і він фактично мав необмежену владу.
Командні посади військової старшини (крім посади курінного отамана) давали право на пожиттєве звання "військової старшини" особам, які хоча б раз їх займали. Разом із діючою старшиною ці люди входили до структури управління Запорозького Війська під назвою "батьків" чи "абшитованої старшини" - неофіційного органу при кошовому отамані. Ця військова старшина без посад була фактично резервом найдосвідченіших військових кадрів Січі. Старі заслужені козаки, які мали серед козаків великий авторитет, оберігали традиції запорозького товариства. Вони передавали з покоління в покоління норми звичаєвого права.
Окрім діючої військової старшини та "батьків" до структури управління Запорозької Січі входили також військові "служителі" (начальники або чиновники) - нижча виконавча ланка, а також похідна та паланкова старшина.
До військових чиновників належали такі особи. Військовий пушкар на Січі очолював артилерійську та фортифікаційну справу. Зберігав порох і свинець, ядра, навчав і командував гармашами. Клопотався постачанням артилерії. У віданні пушкаря була також пушкарня, де утримувалися злочинці, тому часто він використовувався як в'язничний наглядач. У розпорядженні пушкаря перебували підпушкар і декілька гармашів.
Військовий товмач (або драгоман), окрім іншомовних перекладів документів та переговорів з іноземцями, очолював розвідку й контррозвідку Січі. Входив до складу посольств, що відряджалися від Січі до інших держав.
Довбиш завідував військовими литаврами, якими скликав козаків на ради. Крім цього - прямого обов'язку, довбиш інколи виконував поліційні (супроводжував злочинців на суд, приковував засуджених до ганебного стовпа посеред січового майдану тощо) та інспекторські (проводив інспекцію виходу козаків із зимівників) функції. Назагал довбиш уважався помічником осавула: направлявся в паланки для з'ясування причин затримки податків, особисто мав бути присутнім при виконанні вироків, стягував на користь війська мито тощо.
Діяльність військових шафарів та кантаржеїв пов'язувалася з дотриманням режимних вимог. Шафарами (яких було чотири чи більше), називали збирачів податків на перевозах: Кодацькому, Микитинському (через Дніпро), Самарському (через Самару), Бугово-Гардовому (через Буг). У кожного шафара був підшафарій, писар і підписар. Кантаржей на Січі був хоронителем еталонів ваги й міри,- стежив за дотриманням правил торгівлі. До функцій канта рже я належало також відання збором відрахувань до січової скарбниці. Він збирав на користь товариства прибуток із товарів і продуктів, які привозилися на продаж до Запорожжя.
Військові канцеляристи поділялися на старших і молодших та перебували під командою військового писаря.
До складу військових служителів входили також отамани січової школи. Вони очолювали освіту дітей у січових школах (навчання велося коштом Січі), та обиралися самими школярами (один для школярів старшого, інший - молодшого віку). Військові шкільні отамани піклувалися забезпеченням школярів продовольством і приладдям, зберігали шкільну скарбничку.
Важливим елементом адміністративно-політичної структури Запорозької республіки була церква. Збереглося надзвичайно мало історичних відомостей, що давали б уявлення про внутрішньо-церковну організацію і структуру запорозької церкви. Через настоятеля центрально-січової церкви (Покрови Богородиці) реалізовувалися розпорядження кошового отамана, військової ради, адресовані й іншим запорозьким церквам (у 1775 р. в Запорозькій Січі діяло 14 парафій). Потреба виконання управлінських, розпорядницьких церковних функцій зумовила згодом (у часи Нової Січі) спеціальну посаду - начальника січових церков.
До військових служителів належали також козаки, що обіймали посади булавничого, хорунжого, бунчужного і перначника. Хоча інколи їх відносили й до вищої кошової старшини.
За січовою (військовою) старшиною йшла територіальна - паланкова. Вона стояла вище військових "служителів", однак діяла за межами Січі, у своїх паланках. Паланкову старшину комплектували за допомоги виборів у Січі. До її складу входили: полковник (його називали ще "сердюком"), осавул, писар, підосавул, підписар, хорунжий. На ці посади щорічно обиралися на раді найзаслуженіші люди.
Полковник на території паланки уособлював кошового. Він так само виконував адміністративно-фінансові та військові функції, відав судочинством. (До паланкового суду входило по три представники від паланкової адміністрації та козацької громади). Влада паланкового полковника поширювалась як на козаків, що мешкали на території певної паланки, так і на осіб, котрі проїжджали через територію паланки. Полковник відповідав за моральний стан і дисципліну козацького середовища в слободах і зимівниках та своєчасний збір козацького війська у випадку надходження розпорядження з Січі. Крім того, на полковників покладався обов'язок стежити за порубіжжям. У розпорядженні паланкового полковника завжди перебували загони січовиків, що складалися з козаків усіх куренів. Паланкова старшина підпорядковувалася Січі. Відповідно, Січ виступала найвищою апеляційною інстанцією судових та адміністративних рішень, що ухвалювалися в паланках. Ознакою влади полковника був металевий пернач.
Найнижчий ступінь у запорозькому табелі рангів займали громадські отамани. Вони стояли на чолі слободи чи промислу і виконували адміністративно-поліційні функції. Повний штат січової адміністрації коливався від 49 до 149 осіб.
Велике значення для консолідації козацтва мала боротьба запорожців проти турецько-татарської агресії. Запорозька Січ стала своєрідною військовою базою, звідки здійснювалися морські та суходільні походи, а козацтво - могутньою організацією з власними збройними силами. Ядро війська трималось у постійній бойовій готовності в куренях Січі. Його основу становила піхота, а кіннота була нечисленною. У великий похід, суходільний чи морський, завжди брали з собою артилерію. Січовий флот, як відомо, складався з великих човнів - "чайок" (20 метрів завдовжки, 4 завширшки). Першу звістку про морський похід козаків на чайках-байдаках датовано 1492 р.
Тактичною (бойовою) одиницею в Запорозькій Січі були похідні підрозділи, що називалися командами або партіями. Вони формувалися на базі куренів. Уважають (Г. Стороженко), що курінь також був бойовою одиницею, та лише в часи зародження козацтва. Згодом запорозький курінь утратив функцію тактичної військової одиниці, а став тільки базою для її формування. Якщо військо вирушало в похід, то разом із формуванням команд (партій) призначалася "наказна" (похідна) військова старшина, яку складали полковник, осавул, писар. Зазвичай, команди лід час походу чи бойових дій очолювали "батьки" - представники відставної старшини. Провідна роль в індивідуальній бойовій підготовці козака та безпосередньому керівництві ним у бою належала інституту товаришів - командирів первинних підрозділів.
Запорозька Січ мала свої державні символи: печатку-герб із зображенням козака з рушницею на плечі та січовий прапор малинового кольору, на лицьовому боці якого білим кольором був зображений св. Архангел Михаїл, а на зворотному - оточений небесними світилами білий хрест. Усе це свідчило про те, що Запорозька Січ перетворилась у своєрідну демократичну державу, яка увібрала традиції попередніх часів.
Отже, виникнення у другій половині XVI ст. Запорозької Січі зумовлювалось як внутрішніми потребами козаків, що перебували на південному порубіжжі, так і необхідністю захисту українських земель від зовнішньої загрози. Ці обставини справили безпосередній вплив на формування демократичних засад суспільно-політичного устрою січовиків. Уся система органів військово-адміністративної влади мала можливість виконувати як внутрішні, так і зовнішні функції, властиві державній владі. Це дало підстави для багатьох дослідників історії козацтва (І. Грозовський, І. Паньонко та ін.) дійти висновку, що Запорозька Січ була державою, козацько-християнською республікою, важливим етапом розвитку української національної державності.
Козацька гетьманська держава -"Військо запорозьке" (гетьманщина)
Демократизація суспільного життя в роки Національної революції
Політико-правові передумови виникнення української козацької державності й Річ Посполита
Політична програма гетьмана Богдана Хмельницького
Юридичне закріплення української державності
Юридичне закріплення української державності у межах Московської держави
Форма державно-правових зв'язків між Україною і Московською державою
Правовий статус Української держави - Війська Запорозького
"Гетьманські (договірні) статті"