1 листопада 1944 р. митрополит Шептицький помер. Греко-католицька церква опинилася в дуже складному становищі. У квітні 1945 р. майже вся її вища ієрархія — Й.Сліпий (після смерті митрополита Шептицького очолював митрополію), єпископи М.Чарнецький, М.Будка, Г.Хомишин, І.Лятишевський — була репресована і, як це практикувалося в сталінські часи, трафаретно звинувачена в "зраді Батьківщини". Заарештували сотні священиків і ченців греко-католицької церкви. В атмосфері тоталітарного терору і страху організували Львівський собор греко-католицької церкви в березні 1946 р.. Його рішення, безумовно, було відпрацьовано й узгоджено заздалегідь, і не в церковних колах, а в державних інстанціях. Собор вирішив "скасувати постанови уніатського Берестейського собору 1596 року, ліквідувати унію, анулювати залежність від Риму і повернутися до нашої батьківської Святої Православної віри і до Руської православної церкви" (Львівський церковний собор. Документи і матеріали. — К., 1984. — С.94).
До складу Львівського собору греко-католицької церкви 1946 р. увійшли два єпископи — Дрогобицький і Самбірський Михаїл (Мельник) та Станіславський і Коломийський Антоній (Пельвецький), яких напередодні цього собору, а саме 24 і 25 лютого 1946 р., висвячено вже на православних єпископів у Володимирському соборі в Києві. На Львівському соборі було 214 священиків, деканів і представників кліру всіх трьох греко-католицьких єпархій та 19 мирян, котрі майже одноголосно проголосували за всі його постанови. Отже, із загального числа 1270 священиків усієї греко-католицької церкви західних областей України в соборі брали участь лише 214, які, як про це було заявлено на соборі, виступали від імені 997 священиків, що "подали особисті заяви про бажання вийти з унії та воз'єднатися з Православною церквою" (Там же. — С.94).
До цього потрібно додати довідку про стан греко-католицької церкви на той час. За даними 1943 р., в неї нараховувалося (з Мукачівською і Пряшківською єпархіями та Лемківською апостольською адміністратурою) 4488 церков і каплиць, 203 монастирі, богословська академія, 5 духовних семінарій, 2987 священиків, 1610 монахів і монахинь, 540 богословів, 35 видавництв (Мартирологія українських церков. Том II. Українська католицька церква. — Торонто, 1985. — С.49—57).
Львівський собор 1946 р. — це не лише трагічна віха в історії греко-католицької церкви в Україні. Однаковою мірою це й трагедія православної церкви, бо саме їй в особі Московської патріархії тоталітарним режимом було відведено роль могильника іншої церкви.
22 відсотки греко-католицького духовенства, за даними Львівського собору, не згодилися перейти в православну церкву, їх, звичайно, було значно більше, навіть серед тих делегатів собору, які змушено, формально піднімали руку, голосуючи за його рішення. Виникає питання: чи могли навіть ці 22 відсотки, вважаючи себе греко-католиками, мати право зі своїми послідовниками сповідувати український греко-католицизм, бути в єднанні з Римом? З погляду правової, демократичної держави, гуманного, цивілізованого суспільства, безумовно, що могли і мали таке право, забезпечене відповідними конституційними гарантіями.
Проте всі колишні греко-католицькі парафії внаслідок рішень Львівського собору 1946 р. автоматично оголошено православними. Крім діючих православних церков, усі інші було закрито. Але значна частина віруючих, колишніх греко-католиків не прийняли нав'язуваного ним православ'я. Оці "залишки уніатства", як стали їх іменувати і в православній, і в радянській пресі, після 1946 р. змушені були відправляти свої богослужіння таємно, діяти нелегально. З часом вплив "залишків уніатства" не послаблювався серед віруючих, як на це розраховували партійно-державні органи. Навпаки, він зростав, як серед тих, хто не прийняв "возз'єднання" з православною церквою, так і серед тих віруючих, які "з'єдналися", внаслідок слабкої православної свідомості.
Поступово, з підтримкою Апостольської Столиці і зарубіжної Української католицької церкви, у Львівській, Івано-Франківській, Тернопільській, Закарпатській областях (там де було вкорінене уніатство) з його "залишків" сформувалися нелегальні, підпільно діючі структури греко-католицької церкви: хіротонізувалися єпископи, висвячувалися священики, які таємно проводили релігійно-богослужбову діяльність; відновлювалися чернечі ордени, які організовували домашні церкви й чернечі осередки. Все частіше в закритих колишніх греко-католицьких церквах неофіційно відправлялися богослужіння.
Уроки Берестейської унії та історії УГКЦ
Ставлення УГКЦ до екуменізму
Сучасний стан і проблеми УГКЦ
4. НОВІ РЕЛІГІЙНІ ТЕЧІЇ Й ОРГАНІЗАЦІЇ В УКРАЇНІ
Особливості поширення нових релігійних течій в Україні
Класифікаційні групи нетрадиційних і нових релігій в Україні
5. СВОБОДА СОВІСТІ: ІСТОРІЯ І ПРАКТИЧНЕ ВТІЛЕННЯ В УКРАЇНІ
Свобода релігії, свобода віросповідання, свобода церкви
Історичні аспекти розвитку свободи совісті як категорії права