Надзвичайно важливу роль у наступному організаційному становленні та згуртуванні козацтва відіграв факт виникнення організаційного ядра - Запорозької Січі.
Перша згадка про потребу в побудові укріплених замків на прикордонні відноситься до оголошення Дашковичем проекту 1533 р. Брак державних коштів не дав змоги цього зробити. Однак нагальна потреба в цьому існувала, й реалізувати задум випало князю Дмитрові Вишневецькому, котрий на початку 1550-х рр. зводить нижче Дніпровських порогів, на острові Мала Хортиця, перший укріплений кам'яний замок.
Проте питання щодо ототожнення замку Вишневецького з першою козацькою Січчю не отримало в історичній науці однозначного трактування. Частина дослідників вважає, що саме від Малохортинського укріплення розпочинається багатовікова історія козацьких твердинь. Інша ж частина заперечує це, наводячи цілий ряд доволі переконливих доказів.
Зокрема, вказується на відмінності в архітектурній побудові кам'яної фортеці Вишневсцького та пізніших дерев'яних укріплень січовиків. Звертається увага і на той факт, що до складу гарнізону в цей час входили не лише козаки, а й представники інших категорій військово-службової людності - бояри, драби, слуги князя. Та й власне організаційна побудова січової громади, де особливо в пошані був принцип виборності старшин, суттєво відрізнялася від закладеної Вишневеньким та ним же керованої твердині.
Водночас, наводячи аргументи проти ототожнення замку Вишневецького з першою Запорозькою Січчю, варто наголосити на великому значенні ініціативи князя Дмитра в подальшій консолідації козацтва та становленні на запорозьких землях власне першої класичної Січі. Не даремно М.Грушевський називав його "духовним батьком огнища нової української плебейської республіки".
Перша ж історично зафіксована Запорозька Січ виникла у 70-х рр. XVI ст. на острові Томаківка. Острів Томаківка являв собою доволі просторий масив суші, розташований серед широких плавнів, зусібіч оплутаний річковими рукавами та озерцями. За свідченнями польського шляхтича Самуїла Зборовського, острів був настільки широкий, що на ньому можна було розмістити 20 тисяч чоловік і чимало коней.
На початок 80-х рр. відносять й перші згадки про наявність на Січі січової старшини, а також відповідних атрибутів їх влади. Виконавча та воєнна влада на Січі належала кошовому отаману. Його обирали на загальному козацькому колі. Особа кошового мала велике значення, оскільки він поєднував у своїх руках воєнну, виконавчу, адміністративну, судову та навіть духовну владу. У воєнний час кошовий виступав верховним головнокомандуючим і діяв як ніким не обмежений диктатор. Кошовому допомагали військовий суддя, писар та осавул. Досить впливовими на Січі були курінні отамани, що стояли на чолі окремих структурних ланок товариства. Варто зазначити, що саме отамани були тими елементами суспільної організації, що виникли найперше. Отамани стояли на чолі розрізнених загонів-ватаг, які з часом - у ході консолідації козацтва та ускладнення функцій - і створили організацію, відому під назвою Запорозька Січ.
Наприкінці XVI ст. на Січі існувало сім куренів: Пашківський, Титарівський, Дерев'янківський, Поповичівський, Іванівський, Канівський та Дядьківський. Як правило, курені являли собою своєрідні об'єднання земляків, а тому й назва куреню давалася від назви місцевості, звідки прибула більшість членів курінної громади. Курінний отаман обирався на сходці куреня та не потребував підтвердження рішенням загальної ради чи кошового отамана. Курінні користувалися великою пошаною товариства, і їх слухали як батька свого.
На відміну від кам'яного замку Вишневецького, Томаківська Січ була обнесена дерев'яними укріпленнями - засіками. Але, як повідомляв секретар папського нунція в Польщі Карло Гамберіні, дерева там так багато, і вони так уміють себе оборонити засіками, що й зимою, коли Дніпро замерзає, не бояться ніякого ворога.
У наступні роки та десятиліття місцезнаходження козацьких січей неодноразово змінювалося, зокрема, наприкінці 1593 р. припинила своє існування Томаківська Січ, атакована 80-тис. татарською ордою. Але закладені на Томаківці засади спільного життя змушували козацтво упродовж кінця XVI-XVIII ст. за будь-яких обставин відроджувати січову організацію. Так, наступницю Томаківської Січі - Базавлуцьку - було закладено за ЗО км униз по Дніпру вже в тому ж таки 1593 р.
У принципових аспектах залишалися незмінними й вироблені наприкінці XVI ст. січовий устрій та традиції функціонування військово-політичної організації козацтва.
Військово-політична активність козацтва у першій чверті XVII ст. Гетьманування Петра Конашевича-Сагайдачного
Українське козацтво та православ'я. Роль козацтва у відновленні православної церковної ієрархії
Козацькі повстання 20-30-х років ХVII ст.
Розділ 8. УКРАЇНСЬКА НАЦІОНАЛЬНА РЕВОЛЮЦІЯ СЕРЕДИНИ XVII ст. СТАНОВЛЕННЯ УКРАЇНСЬКОЇ КОЗАЦЬКОЇ ДЕРЖАВИ
Передумови, причини та початок Національної революції
Перемоги козацького повстання навесні 1648 р. Та його переростання в революцію
Розгортання революції та еволюція програмних вимог її лідерів
Війна за незалежність Української держави 1649 р. Зборівський мир
Розбудова Української держави наприкінці 1640-х - початку 1650-х рр.