Місцеві органи влади та управління гетьманської держави - полковий і сотенний уряди, міське й сільське управління - наслідували засади організації центральної влади. їхня організація зумовлювалася, насамперед, потребами оперативної мобілізації збройного люду. Адміністративний поділ Козацько-гетьманської держави, що поділявся на полки й сотні, дублював структуру війська: територіальні одиниці відповідали ієрархії бойових підрозділів, забезпечуючи максимально швидку мобілізацію козацького стану.
До складу полкового уряду входили: полкова козацька рада, полковник, полкові старшини, рада полкової старшини і полкові канцелярії.
На підставі звичаю полковий уряд підпорядковувався полковій козацькій раді. У ній, за бажанням і змогою, брали участь усі городові козаки, які були вписані до компутів полку. Полкова козацька рада мала однотипний із Загальною військовою радою механізм формування та принципи функціонування, їй належало право формувати полковий уряд, затверджувати або скасовувати його рішення. Оскільки полкова козацька рада обмежувала владні повноваження гетьмана, полковників і полкової старшини, вони не були заінтересовані в її розвитку. Тому генеральний і полковий уряди поступово на кінець XVII ст. перетворили полкову козацьку раду на формальність.
Полковий уряд очолювали полковники, які виступали як представники військової адміністративної влади на території полку та були виконавцями доручень гетьмана, генеральних і старшинських рад Фактично полковники забезпечували владу гетьмана на місцях. Тому своїм розвитком інститут полковника поступався тільки перед гетьманом. Влада полковників набувалася через вибори на полковій козацькій раді. Щоправда, як стверджують дослідники (А. Козаченко), вибори мали формальний характер, а фактично полковників призначав гетьман або рада старшин, вони ж усували їх із посади.
Полковникам у межах полку належали широкі військові, адміністративні, фінансові та судові повноваження. Вони забезпечували мобілізацію ввіреного їм військового підрозділу, дбали про Його боєздатність, забезпечували його дисципліну, доглядали за станом фортифікаційних споруд тощо. Полковники здійснювали всю повноту розпорядчих функцій на підвладній їм території. Насамперед, вони розпоряджалися земельним фондом ("рангові маєтності"), що його склали колишні королівщини та землі, залишені шляхтою. Полковники розподіляли ці землі між старшиною й козаками, як плату за несення ними військової служби. Вони також організовували фінансову справу, керували збором податків до військового скарбу, віддавали в оренду промисли, що належали до військового фонду, збирали орендну плату. Повноваження полковників у поземельних і фінансових справах ставили під їх контроль також міське господарство і давали змогу втручатись у внутрішні справи міст.
Особу, яка тимчасово виконувала обов'язки полковника, називали наказним полковником. Існує думка (А. Козаченко), що інститут наказного полковника набув поширення завдяки тому, що кандидатів на посаду полковника гетьмани часто призначали наказним і лише згодом, переконавшись у відданості наказного, затверджували його повновладним полковником.
В управлінні територією полку та командуванні військовим підрозділом полковник спирався на полкову старшину, склад якої майже повністю дублював склад генеральної старшини - обозний, суддя, осавул, писар, хорунжий. Матеріальним забезпеченням полку відав обозний. Він керував обозом та артилерією, за відсутності полковника виконував його обов'язки. Обозному підлягали полковий артилерійський осавул, полковий артилерійський писар, хорунжий полкової артилерії та отамани. У полковому суді головував полковий суддя. Він мав свою канцелярію та урядовців. Писар вів діловодство полку і керував полковою канцелярією. Осавул (найчастіше їх було два) наглядав за дотриманням порядку й дисципліни у полку, виконував поліційні функції. Мав помічника - підосавула. Полковий хорунжий відповідав за збереження полкового прапора
Управлінською й технічною установою полкового уряду була полкова канцелярія. У межах полку вона виконувала загалом такі ж функції, що й генеральна військова канцелярія на загальнодержавному рівні. Полкова канцелярія розвинулась у провідну установу полкового уряду. Вона забезпечувала механізм взаємодії генерального", полкового і сотенного урядів.
Вважається, що полковий уряд становив основу організації державної влади Козацько-гетьманської України. На нього спирався у своїй діяльності генеральний уряд. Тому генеральний уряд всебічно сприяв удосконаленню й розвитку полкового уряду.
Модель адміністративного устрою полісу копіювалася на сотенному рівні. До складу сотенного уряду входили: сотник, городовий отаман, сотенні старшини, сотенна рада старшин і сотенна канцелярія.
Право формувати сотенний уряд, затверджувати чи скасовувати його постанови належало сотенній козацькій раді, якій, відповідно до звичаю, він підпорядковувався. За механізмом формування та за принципами функціонування сотенна козацька рада була установою, однотипною з полковою козацькою радою. Однак до кінця XVII ст. окремі повноваження сотенної козацької ради привласнили гетьман, полковник і сотник.
Сотенний уряд репрезентували сотник і його помічники. Сотникові в межах сотні належали широкі військові, адміністративні та судові повноваження. Передовсім сотник виконував обов'язки командира військового підрозділу, персонально відповідав за боєготовність сотні, щорічно проводив мобілізацію й демобілізацію козаків. Під час воєнних дій сотник особисто командував сотнею. За невиконання наказу він мав право карати козаків смертю. Під керівництвом сотника сотенний уряд ухвалював рішення про надання чи відторгнення земельних угідь, про збір податків, розпоряджався скарбом сотні, проводив перепис населення й майна, провадив нотаріальні дії, встановлював повинності.
Сотники забезпечували виконання постанов вищого уряду, особисто контролювали збирання податків, стягнення мита, законність землеволодіння, будівництво фортець тощо. Про діяльність такого штабу сотники звітували перед полковою канцелярією. Крім того, - на сотників покладалося виконання правоохоронних функцій. Вони організовували проведення попереднього слідства й дізнання, затримання збіглих селян і дезертирів. Сотник, зазвичай, очолював також колегію сотенного суду. Щоправда, компетенцію сотників законодавчо закріплено не було. Окремі їхні повноваження врегульовувалися козацькими звичаями та актами генерального й полкового урядів.
У своїй діяльності сотник спирався на сотенну старшину - осавула, писаря, хорунжого, а також курінних отаманів. Поряд з отаманами, які виконували тільки військові функції, дослідники вирізняють і "отаманів городових", котрі мали лише адміністративну владу в містах, зокрема в резиденції гетьмана.
Допоміжним органом низової адміністрації були місцеві ради, які скликалися старшиною для обговорення й вирішення найважливіших військових, адміністративних і судових справ.
Дослідники (А. Козаченко, В. Горобець) уважають, що сотенні уряди виконували функції робочих органів полкового уряду на місцях. На сотенні уряди покладалася реалізація рішень, ухвалених генеральним і полковим урядами. Тому, вважають, за винятком сотника і городового отамана, інститути сотенного уряду не набули значного вдосконалення й розвитку.
Міське управління в політичній системі Гетьманщини займало окремішнє становище. Населення міст у роки Національної революції зберегло за собою "давні права і вольності". Юридично міста поділялися на дві групи - магістратські й ратушні. Перші з них користувалися магдебурзьким правом, одержаним переважно ще від польської влади і підтвердженим згодом гетьманами або царським урядом. За магдебурзьким правом міста діставали самоуправління, податковий і судовий імунітет, право власності на землю, ремісничі й торговельні пільги тощо. Ним установлювалися порядок обрання міських властей, їхні, управлінські функції, основи цивільного та кримінального права, норми оподаткування, регламентування діяльності ремісничих цехів і купецьких об'єднань тощо.
На чолі міста стояв війт. Його обирало все поспільство і затверджував гетьман (від другої половини XVII ст. набула поширення практика затвердження результатів вибору царським урядом). Влада війта була довічною. Важливу роль у системі міського самоуправління відігравали виборні магістрати, які складалися з ради (райці на чолі з бурмистром) і лави, або лавничого суду. Райці відали адміністративно-господарськими справами: міським господарством, організацією оборони міста, збиранням торгових мит, підтриманням зв'язків із гетьманською адміністрацією та царськими воєводами. Члени лавничого суду (лавники) на чолі з війтом вершили судочинство за цивільними й кримінальними справами, виносили по них вироки, аж до смертних.
Давній устрій міського самоврядування був порушений тим, що частина міщан стала козаками і перейшла під владу полковника, сотника або городового отамана. Унаслідок цього в містах нерідко виникали конфліктні ситуації, спричинені двовладдям, Козацька адміністрація неодноразово втручалася в міське господарство, захоплювала міські землі, сіножаті, млини й шинки, а міський патриціат, захищаючи давні привілеї, намагався поширити свою владу і на козацьке населення міст.
Управління малих містечок, населення яких не володіло правами магдебургії, зосереджувалося в ратуші, на чолі якої стояв городовий отаман. Ратуша підлягала компетенції загальної козацької влади в краї.
Сільське управління перебувало в руках сільської громади, до складу якої входили дорослі самостійні господарі, як чоловіки, так і жінки. Для догляду за порядком і для завідування сільськими справами громада обирала сільського війта та 2-5 осіб (лавників).
Запорозька Січ становила самостійну адміністративно-територіальну одиницю.
Період "козацьких" судів
Зміни у суспільному ладі Гетьманщини наприкінці ХVІІ-ХVІІІ ст.
Напрями розвитку політичного ладу Гетьманщини в умовах занепаду української козацької державності
Юридичні важелі обмеження автономної влади
Російські державні установи для управління Україною
Державно-політичний статус Запорозької Січі
Адміністративно-політичний статус Слобідської України
"Козацьке право". Правова система Козацько-гетьманської держави
Звичаєве "козацьке право" Запорозької Січі